Es un misterio, si quitas la opción de parchear save (saver patch) no se bloquea, pero al guardar la partida sí. De la otra forma (con la opción activada) puedes guardar la partida y jugar en los demás modos ya que sólo se bloquea al acabar el modo endless.
Si encuentras una solución o algo dímelo.
Sólo se me ocurre una opción: empieza una partida en el Visual Boy Advance y luego pasa el save al cartucho. No hace falta ni jugar, con que entres en opciones y salgas ya se crea el save.